Dzisiaj kościół ma też w sobie więcej z artystycznego salonu niż świątyni – nie spotkamy tu oddanych modlitwom starszych pań, powtarzających litanie, czy przyklękających przechodniów szukających chwili modlitewnego skupienia. Nic z tych rzeczy – jeśli ktoś znajdzie się już na tym wzgórzu, to głównie po to, aby zanurzyć się w niepowtarzalnej atmosferze sztuki. Miejsce to wybierane jest też bardzo często na śluby, może dlatego, że przed kościołem znajduje się obszerny plac, stworzony na początku XVII wieku, z którego rozciąga się przepiękny widok na miasto.

Świątynię usytuowano w miejscu, gdzie ponoć św. Piotr dokonał swego żywota, co jest jednoznaczne z podaniem w wątpliwość największego dogmatu Kościoła katolickiego, głoszącego, że Piotr zmarł śmiercią męczeńską na arenie hipodromu na Watykanie i z tego też powodu właśnie tam, już na początku IV wieku, powstała monumentalna, jemu poświęcona bazylika (San Pietro in Vaticano). Jak mógł więc umrzeć w dwóch miejscach na raz i jak doszło do tego, że na wzgórzu Janikulum (Gianicolo) wybudowano mu drugą świątynię? Wydaje się, że inspiracji dostarczył przekaz dotyczący śmierci apostoła, zawarty w tzw. Pasji św. Piotra z II wieku, której autor pisze, że Piotr wspiął się na wzgórze, gdzie czekał na niego krzyż. Biorąc pod uwagę fakt, że krzyże, na których Rzymianie zwykli wieszać wichrzycieli i bandytów, umieszczano w starożytności w dobrze widocznych miejscach, najczęściej na wzgórzach, jak na Golgocie w Jerozolimie, można by przyjąć, że jest nim to właśnie wzniesienie. Wieść, że apostoł Piotr, wbrew utartej wczesnochrześcijańskiej tradycji, zginął tu, na Janikulum, zrodziła się więc wcześnie, ale odżyła dopiero w średniowieczu i to ona zadecydowała o powstaniu w tym miejscu na początku IX wieku klasztoru i kościoła. Jego nazwa odnosiła się do Monte d’Oro (złote wzgórze), gdyż tak nazywano to znane ze złotawego koloru ziemi wzniesienie.

Przez kilka wieków kościół i klasztor popadały w ruinę. Obecna budowla powstała dopiero pod koniec XV wieku i została ufundowana przez hiszpańską parę królewską Ferdynanda II Aragońskiego i Izabelę Kastylijską, znanych nam z protekcji, jaką darzyli genueńczyka – Krzysztofa Kolumba. Klasztor znalazł się w tym czasie w posiadaniu zreformowanego zakonu franciszkanów. Jak do tego doszło, że właśnie Hiszpanie otoczyli to miejsce opieką? Gdy papieżem (jako Sykstus IV) został franciszkanin z rodu della Rovere, powierzył swemu spowiednikowi pochodzącemu z Półwyspu Pirenejskiego kościół, równocześnie zachęcając parę królewską do sfinansowania budowy nowej świątyni, na co ci przystali, dając jednocześnie świadectwo, że zasługują na miano królów katolickich. Budowę poświęcono w 1500 roku, za czasów kolejnego Hiszpana, tym razem zasiadającego na stolcu Piotrowym – Aleksandra VI, który też potwierdził tytuł nadany parze monarszej za jego poprzednika.

Wnętrze kościoła jest przestronne, ma jedną nawę, do której po każdej ze stron otwierają się cztery kaplice boczne. Dwie kolejne, najobszerniejsze, znajdują się w transepcie budowli i to one flankują długie prezbiterium świątyni.

Prawa nawa (patrząc od wejścia)

• Pierwsza kaplica kryje najbardziej znany w tym kościele obraz, dla którego przez wieki podejmowano wędrówki w to miejsce. Jest nim malowidło wykonane w technice olejnej autorstwa zdolnego renesansowego malarza pochodzącego z Wenecji – Sebastiano del Piombo.  Powstało w 1524 roku dla ozdoby kaplicy bogatego bankiera florenckiego o nazwisku Borgherini, który był też finansistą Michała Anioła. Prowadził jego sprawy bankowe, a głównie przepływ gotówki artysty do jego rodzinnej Florencji i mieszkających tam licznych krewnych. Nic dziwnego, że bankier mógł liczyć na artystyczne wsparcie swego rodaka, nawet jeśli w tym przypadku wykonawcą swej koncepcji uczynił on swego podopiecznego i kolegę po fachu, o dziesięć lat młodszego Sebastiano. Tym bardziej że del Piombo dał się już poznać w mieście nad Tybrem jako malarz pracujący między innymi w miejskiej willi innego bankiera osiadłego w Rzymie – Agostino Chigiego (willa Farnesina). Na ogół całą uwagę skupia się na ołtarzu kaplicy ukazującym scenę Biczowania Chrystusa, a przecież godny podziwu jest całościowy zamysł tego miejsca. Po obu stronach kaplicy, jakby witając przybyłych, pojawiają się sylwetki św. Piotra – najważniejszego świętego Wiecznego Miasta i patrona kościoła, oraz św. Franciszka – imiennika zleceniodawcy, a także patrona znajdującego się obok klasztoru franciszkanów. W zwieńczeniu absydy dojrzymy natomiast scenę Przemienienia Pańskiego wprowadzającą nas w tajemnicę przeistaczania się Chrystusa z cierpiącego i poddanego katuszom człowieka w Boga, a tym samym wyjścia z ciemności w światło, któremu towarzyszą ewangeliści i starotestamentowi prorocy. 
• W drugiej kaplicy znajdziemy fresk przypisywany Niccolò Circignaniemu (Pomarancio), przedstawiający tzw. Madonnę z listem (Madonna della Lettera), ale o wiele bardziej interesujące są freski w zwieńczeniu absydy (Koronacja Marii), które swą kontynuację znajdują na ścianach nawy głównej, ukazując cztery cnoty kardynalne, flankujące herb hiszpańskiej pary, Ferdynanda i Izabeli. Malowidła te są dziełem Baldassare Peruzziego, renesansowego malarza i architekta, który zrealizował w Rzymie kilka spektakularnych zleceń, w tym te we wspomnianej Farnesinie.
• Trzecia kaplica poświęcona jest ponownie Marii, o czym świadczy znajdujący się w ołtarzu obraz Ofiarowanie Najświętszej Marii Panny, po bokach natomiast freski: Zwiastowanie i Niepokalane Poczęcie, autorstwa tym razem malarza rokokowego, Michelangelo Cerrutiego. Na licu nawy głównej ponownie ujrzymy malowidła Peruzziego, tym razem ukazujące antyczne przepowiadaczki przyszłości – sybille.

• Minąwszy czwartą kaplicę, poświęconą tematowi Ukrzyżowania, w której freski absydy ukazują Marię ze św. Janem Ewangelistą adorujących umęczonego Chrystusa na krzyżu, staniemy przed piątą kaplicą (Cappella del Monte), nazwaną tak od spoczywających tu przedstawicieli rodu – kardynała Antonio i prawnika Fabiano del Monte, wuja i dziadka papieża Juliusza III.  Uwagę naszą przyciągnie przemyślana koncepcja kaplicy, której wykonanie papież powierzył uczniom i współpracownikom Michała Anioła. Wielki mistrz również miał uczestniczyć w jej tworzeniu, czego dowodem są powinowactwa stylistyczne z wykonaną przez niego we Florencji kaplicą dla rodu Medici. Autorem owej koncepcji był Giorgio Vasari, zdolny manierysta florenckiego pochodzenia, znany głównie ze swej, jakże ważnej dla historii sztuki książki Żywoty najsławniejszych malarzy, rzeźbiarzy i architektów, w której zawarł bezcenną dla nas wiedzę o kilku pokoleniach włoskich artystów. Jego obraz znajduje się też w ołtarzu głównym kaplicy i ukazuje Nawrócenie św. Pawła (1550). Samego Vasariego dostrzec możemy w malowidle po lewej stronie – ma brodę, czarne odzienie i uważnie na nas spogląda. W obrazie, typowym przykładzie malarstwa manierystycznego, uderza nie tylko taneczne upozowanie postaci, szczególnie tych przemykających pomiędzy arkadami w tle, ale też jego interesująca ikonografia.  Malarz zrezygnował z typowego przedstawienia św. Pawła w momencie iluminacji po upadku z konia. Ten jest tylko drugoplanowym elementem, dopowiadającym historię skruszonego żydowskiego faryzeusza, prześladowcy chrześcijan, który obolały po upadku z wierzchowca i nawrócony na nową wiarę, przyjmuje chrzest w Damaszku. Jednakże głównymi obiektami kaplicy są dwa, powstałe w połowie XVI stulecia pomniki nagrobne, którym towarzyszą alegorie Religii i Sprawiedliwości. Ich autorem był inny znakomity florentyńczyk Bartolomeo Ammannati. 

• Przechodząc do partii ołtarza głównego, warto spojrzeć w górę, aby zobaczyć wspaniale układające się dekoracje sklepienia.  Patrząc na głębokie prezbiterium kościoła, dostrzeżemy w nim organy, a w oddali obraz, będący kopią znanego dzieła Guido Reniego – Ukrzyżowanie św. Piotra.  Płótno, które znajdowało się w tym miejscu ongiś, to jeden z najwspanialszych obrazów epoki – Przemienienie Pańskie pędzla Rafaela (Rafael Santi). Zrabowane przez Napoleona Bonaparte, ostatecznie znalazło się w Muzeach Watykańskich (Musei Vaticani) i dziś stanowi główną ozdobę tych przebogatych zbiorów.  Dwa flankujące prezbiterium anioły pochodzą z XIX wieku, podobnie jak dekoracja ścienna.

Lewa nawa

Przechodząc do lewej nawy, zauważamy analogiczną (do tej po przeciwnej stronie) kaplicę, z podobnie ukształtowaną partią wieńczącą absydę, tym razem ufundowaną przez ród Ricci. Również kompozycje rzeźbiarskie wyglądają podobnie, choć brak w nich postaci leżących, które nadawały przeciwległej kaplicy znamiona monumentalnego mauzoleum.  Posągi znajdujące się w niszach przedstawiają dwóch apostołów Piotra i Pawła, ale główną ozdobą tego wnętrza jest obraz Chrzest Chrystusa, związany z Daniele da Volterrą – uczniem Michała Anioła, zdolnym, choć niewybijającym się manierystą, który jednak do historii sztuki przeszedł jako „Majtkarz” (Il Braghettone). Tak nazwali go nieprzychylni mu koledzy po fachu, po tym jak podjął się zamalowania intymnych partii ciał postaci w wypełniającym ołtarz kaplicy Sykstyńskiej Sądzie Ostatecznym tuż przed śmiercią w 1564 roku autora tego arcydzieła, a zarazem swojego nauczyciela.

• Kolejna (czwarta) kaplica, kaplica Piety, powstała dla ambasadora króla hiszpańskiego w Rzymie. Ozdobiona jest dziełami zupełnie odmiennymi od tych widzianych do tej pory. Stworzona w dobie baroku, prezentuje się w bogatej szacie stiuków i świetlnych kontrastów, a jej zasadniczą ozdobą jest wysoka, zwieńczona latarnią, kopuła.  W ołtarzu widzimy obraz Złożenie do grobu (1617) – udaną parafrazę wielkiego dzieła Caravaggia pod tym samym tytułem, której autorem był naśladowca stylu mistrza, a w tym wypadku również tematu – Dirck van Baburen z Utrechtu. Na bocznych ścianach znalazł się również inny obraz tego holenderskiego artysty, znakomity Upadek pod krzyżem, nawiązujący do historii o chuście św. Weroniki.
• W ołtarzu trzeciej kaplicy znajduje się popularny w średniowieczu temat – Święta Anna Samotrzeć, którego głównymi bohaterkami są matka i babka (św. Anna) Chrystusa. Tym razem podjął go Antoniazzo Romano, jeden z przedstawicieli wczesnego renesansu rzymskiego.
• Kolejna kaplica (kaplica Raimondi) uderza wielkością, ale też harmonijną koncepcją, godną wielkiego mistrza. I nic dziwnego: jest to bowiem pierwsza w karierze Gian Lorenzo Berniniego kaplica rodowa (ok. 1635). Dał się w niej poznać jako mistrz teatralnej gry światła i cienia. Kaplica zamówiona została przez ród Raimondi.  Widzimy jego przedstawicieli: Francesca i Girolama, których wykute w marmurze popiersia spoglądają na nas z nisz jak z balkonów, opartych na zdobionych reliefami sarkofagach. Głównym elementem kaplicy jest jednak relief ołtarzowy ukazujący Stygmatyzację św. Franciszka z typową dla baroku egzaltacją i upodobaniem do przesady, którym dodatkowego dramatyzmu dodają kontrasty świetlne odbijające się na szatach i partiach ciała głównych bohaterów sceny. Pracę tę wykonał Francesco Baratta, współpracownik Berniniego, którego ten zatrudnił już do wykonania posągu rzeki La Plata w sławnej fontannie Czterech Rzek (Fontana dei Quattro Fiumi).  Natomiast pomniki nagrobne są kreacją dłuta innych uczniów Berniniego – Andrei Bolgiego i Niccolò Salego.
• W pierwszej kaplicy znajdziemy scenę ukazującą ponownie stygmatyzację św. Franciszka, któremu towarzyszą po bokach św. Katarzyna Aleksandryjska i św. Mikołaj. Ich autorem jest malarz z końca XVI wieku – Giovanni de Vecchia. Stanowią one niejako pendant do kaplicy znajdującej się naprzeciw, ufundowanej przez florenckiego bankiera, w której Franciszkowi również przypadła znacząca rola.

Nie można nie wspomnieć jeszcze o jednej osobie, o której nader często rozprawiają przewodnicy odwiedzający tę świątynię. Chodzi o sławną Beatrice Cenci, skazaną na śmierć piękną ojcobójczynię, której ciało po barbarzyńskiej egzekucji zostało złożone we wnętrzu kościoła. I spoczywało tak od 1599 roku w otoczeniu kardynałów i wysokiej rangi duchownych – gdzie dokładnie, nie wiemy. Jedni twierdzą, że w posadzce przed głównym ołtarzem, inni, że w jednej z kaplic. Tak przeleżały w spokoju kilka wieków, aż do momentu, gdy wojska francuskie pod wodzą Napoleona dopuściły się w czasie okupacji Rzymu zbezczeszczania jej zwłok, i od tej pory ślad po pochówku zaginął.

Najbardziej malownicza droga do kościoła wiedzie z Zatybrza (Trastevere): via Garibaldi schodami od vicolo del Cedro wzdłuż stacji drogi krzyżowej (uwaga, w czasie popołudniowej przerwy zamknięta).