Pomimo że kościół ten wznosi się nieopodal Piazza Venezia, czyli w samym sercu gwarnego Rzymu, jest tak położony, że jedynie ci, którzy wiedzą o jego starożytnych korzeniach, wspaniałych średniowiecznych mozaikach i interesujących barokowych pomnikach nagrobnych, kierują do niego swoje kroki.   Jest przy tym tak wbudowany w założenie Palazzo Venezia, że na ogół bierze się go za jego część.

Początki kościoła sięgają czasów najodleglejszych, gdy miejsce to sąsiadowało jedynie z dawnymi cesarskimi forami, o pobliskim Ołtarzu Ojczyzny nikomu się jeszcze nie śniło, a pałac (Palazzo Venezia) nie istniał. Badacze datują powstanie świątyni na czas pontyfikatu papieża o imieniu Marek, zajmującego ten urząd jedynie przez rok (336). Najprawdopodobniej pragnął on uwiecznić swego imiennika – ewangelistę Marka budowlą, która stanęła w istniejącym tutaj kompleksie mieszkalnym. Pięć wieków później popadający w ruinę kościół w znaczący sposób przebudował papież Grzegorz IV (833). Wnętrze, które dzisiaj widzimy i które znajduje się poniżej poziomu ulicy, powstało właśnie w tym czasie. Jest to bazylika zakończona absydą, z obszerną nawą główną, którą od wąskich naw bocznych oddziela rząd arkad wspartych na kolumnach. Ponieważ kościół służyć miał przechowywaniu szczątków świętych męczenników, zbudowano też kryptę, gdzie miejsce wiecznego spoczynku znaleźli przetransportowani z katakumb wczesnochrześcijańscy święci Abdon, Senen i inni. Z tego czasu pochodzą też wspaniałe mozaiki w absydzie kościoła; dla nich samych warto do niego zajrzeć. Dostrzeżemy na nich monumentalną sylwetkę stojącego na złotym dywanie Chrystusa z księgą w ręku oraz świętych i papieży: od lewej fundatora kościoła, Grzegorza IV, dzierżącego model świątyni i umieszczonego w prostokątnym nimbie sugerującym żyjącego jeszcze człowieka, aspirującego jednak do świętości; dalej stoją obejmujący go ramieniem na znak protekcji św. Marek i dzierżący księgę św. Felicissimus – męczennik i diakon z połowy III wieku.  Po drugiej stronie dostrzec można św. Agnieszkę trzymającą w dłoniach swą koronę męczeństwa, św. Agapita – męczennika i diakona, również z połowy III wieku, i wreszcie fundatora pierwszego kościoła w tym miejscu – świętego papieża Marka. W medalionach powyżej umieszczono symbole czterech ewangelistów (lew, byk, anioł i orzeł) z tondem ukazującym ponownie Chrystusa w popiersiu i dwóch najważniejszych rzymskich męczenników – świętych Pawła i Piotra, którzy gestem ręki wskazują na scenę rozgrywającą się w absydzie, jakby dodatkowo pragnąc skupić na niej naszą uwagę. W dolnej części absydy znajdują się widoki dwóch najważniejszych dla chrześcijan miast – Jerozolimy i Betlejem, pomiędzy którymi rozciąga się rząd dwunastu owieczek zmierzających do ulokowanego w środkowej partii Baranka Bożego, co oczywiście jest nawiązaniem do Chrystusa i jego dwunastu uczniów – apostołów.

W połowie XII wieku dobudowano do kościoła istniejącą do dziś, ledwie widoczną zza okazałej loggii, a ongiś przylegającą do fasady dzwonnicę (kampanilę). 

Trzecim ważnym dla budowli dobrodziejem był wenecki kardynał Pietro Barbo, który nabył, rozbudował i upiększył swą rodową siedzibę – Palazzo Venezia, a przynależny do niego kościół, poświęcony patronowi jego rodzinnego miasta, otoczył w latach 1455–1471 szczególną troską. Gdy został papieżem (jako Paweł II), a jego pałac stał się oficjalnie siedzibą papieską, dobudował do kościoła okazałą, istniejącą do dziś loggię (Loggia Błogosławieństw), z której pozdrawiał tłum wiernych przy oficjalnych okazjach. Na pilastrach trawertynowej loggii, zbudowanej z materiału pozyskanego z powoli dewastowanych Koloseum i Teatru Marcellusa, dostrzeżemy herb papieża Pawła II i lwy (atrybut św. Marka, a jednocześnie symbol Wenecji).

Kierując się w stronę wejścia, dojrzymy w partii portalu ponownie tronującego ewangelistę – płaskorzeźbę dłuta znaczącego rzeźbiarza pierwszej połowy XV wieku – Isaia da Pisy.

Paweł II odnowił też dach kościoła, a ponadto ufundował do dziś zachowany drewniany kasetonowy strop ze zdobiącym go herbem papieskim i ponownie symbolem św. Marka (lwem). Strop ten, obok tego znajdującego się w bazylice Santa Maria Maggiore, jest najstarszym tego typu obiektem w mieście (1468). On sam i konstrukcja dachu były jednak tak ciężkie (głównie z powodu ołowianego pokrycia), że średniowieczne kolumny we wnętrzu wzmocniono dodatkowymi arkadowymi wspornikami. Natomiast nawy boczne zaadoptowano w tym czasie na kaplice.

Od czasu Pawła II kościół stał się narodową świątynią żyjących w Rzymie Wenecjan, którzy spotykali się w niej na wspólne modlitwy, a ci bogatsi, na ogół weneccy kardynałowie, tu właśnie nakazywali się pochować i tu wznosili swoje często bardzo okazałe nagrobki. Wnętrze kościoła miało zatem świadczyć nie tylko o randze i znaczeniu poszczególnych osób, ale też o artystycznych ambicjach Republiki Weneckiej, skądinąd często uwikłanej w spory ze Stolicą Apostolską.  Kolejna modernizacja wnętrza nastąpiła w XVII, a następna w XVIII wieku. W tym czasie powstała większość dekoracji kaplic oraz ustawionych w nich monumentów nagrobnych. W nawie głównej pojawiły się również w tym czasie malowidła ukazujące dzieje czczonych w kościele męczenników – Abdona i Senena (po prawej), a także papieża Marka (po lewej). Uzupełniły je rokokowe dekoracje stiukowe w partii międzyarkadowej – dzieło Carlo Monaldiniego i Clemente Orlandiego; ich tematyka dotyczy życia poszczególnych apostołów. 

We wnętrzu bazyliki zetkniemy się z bardzo dobrymi przykładami sztuki sepulkralnej doby manieryzmu, baroku, rokoka i klasycyzmu, której fundatorami byli albo zainteresowani własną pośmiertną chwałą, albo pragnący zachować w pamięci potomnych swych bliskich głównie duchowni wysokiego szczebla, ambasadorzy i możni Wenecjanie. Nie zabraknie też kilku ciekawych przykładów malarstwa, zarówno renesansowego, jak i barokowego.

Nawa prawa (patrząc od wejścia):

• Pierwsza kaplica dedykowana jest tematowi Zmartwychwstania, co sugeruje również znajdujący się w niej obraz weneckiego malarza przełomu XVI i XVII wieku, Jacopo Palmy Giovane (Palmy Młodszego), jednego z najbardziej rozchwytywanych malarzy w mieście nad laguną, twórcy monumentalnych malowideł między innymi w Pałacu Dożów w Wenecji.
• Idąc dalej, natkniemy się na dość nietypowy nagrobek przypominający ozdobną sekreterę albo fasadę miniświątyni, przy którego tworzeniu posiłkowano się różnymi kolorowymi marmurami. Upamiętnia on postać kardynała Francesco Pisaniego (1570) i jest przykładem późnorenesansowej, a właściwie już manierystycznej sztuki sepulkralnej. 

• W drugiej niszy zobaczymy nagrobek kanonika tego kościoła, Luigiego Oreste Borgii, w stylu nawiązującym do sztuki rokoka i aż trudno uwierzyć, że powstał on w 1916 roku.
  
• W trzeciej kaplicy najciekawszy wydaje się obraz Adoracja Trzech Króli Carlo Marattiego. Twórca ten uchodził w Rzymie przełomu XVII i XVIII wieku za jednego z najznakomitszych malarzy religijnych. Jego dzieła znajdziemy w wielu kościołach w mieście, choć przyznać należy, że ten tutaj wiszący nie udał mu się w pełni.
• W trzeciej niszy znajduje się nagrobek Cristoforo Vidmana z 1660 roku. Przedstawia przystojnego weneckiego kardynała o modnie podciętym wąsiku i małej bródce, z rękami złożonymi do modlitwy, kierującego swój wzrok ku ołtarzowi. Opiera się na wygodnej poduszce, jakby w obawie, że modlitewny gest mógłby nadszarpnąć jego zdrowie i wygodę. Zgodnie z ówczesną modą przedstawiony został w otoczeniu putt. Powagi nagrobkowi dodają dwa reprezentacyjne orły znajdujące się u jego podstawy. Pomnik jest dziełem Cosimo Fancellego, ucznia i naśladowcy Gian Lorenzo Berniniego, i dowodzi, jak mocno sztuka tego ostatniego wpłynęła na całe zastępy artystów XVII i XVIII stulecia.
• W czwartej niszy dostrzeżemy późnobarokowy nagrobek Francesco Erizza (ok. 1700). Ma formę piramidy z portretem zmarłego potomka znakomitego weneckiego rodu w tondzie i towarzyszącymi mu aniołami. Autorem tej udanej koncepcji rzeźbiarskiej był Francesco Maratti. 
• Idąc dalej, na wysokości schodów znajdujemy kolejny, skromny tym razem nagrobek Leonarda Pesara, szesnastoletniego syna weneckiego posła. Jego młodą twarz uwiecznił znakomity klasycysta weneckiego pochodzenia, który właśnie w Rzymie zyskał światową sławę – Antonio Canova. 
• W reprezentacyjnej kaplicy Najświętszego Sakramentu, znajdującej się na końcu nawy (obok absydy schodami do góry), warto zwrócić uwagę na ołtarz, który zdobi wizerunek pierwszego fundatora kościoła – świętego papieża Marka. Jego autorem był znakomity wczesnorenesansowy malarz, wykonawca papieskich zleceń, Melozzo da Forli. Ozdobą kaplicy jest też kopuła dekorowana barokowymi stiukami autorstwa innego wybitnego XVII-wiecznego artysty – Ercole Ferraty i wspomnianego już Cosimo Fancellego.

Przechodząc do ołtarza głównego, mijamy granitową, powstałą w XVIII wieku tumbę z ciałami wspomnianych wczesnochrześcijańskich męczenników z III stulecia – Abdona i  Senena. Natomiast pod ołtarzem znajduje się korytarz wydrążony w murach pierwszego kościoła, który prowadzi do małego ołtarza poświęconego męczennikom. Znajdująca się tam inskrypcja informuje nas o przeniesieniu ich ciał w to miejsce.

Przechodząc do lewej części kościoła, należy koniecznie (jeśli będzie to możliwe) wejść do usytuowanej obok absydy zakrystii (schodami do góry). Znajdziemy tam interesujące dzieła: XV-wieczny ołtarz, który w XVIII wieku zastąpiono tym obecnie istniejącym, XIII-wieczne freski przypisywane Pietro Cavalliniemu, a także fragmenty starego ołtarza – zamówione jeszcze przez kardynała Barbo, a wykonane przez znakomitych renesansowych rzemieślników – Mino da Fiesole i Giovanniego Dalmatę.

• Tuż przy drzwiach do zakrystii znajduje się typowy klasycystyczny nagrobek (1796), którego główną ozdobę stanowi zadumany Geniusz Śmierci trzymający w ręce opuszczoną pochodnię. Autorem tej pracy, pierwszej w swym dorobku, był mało znany, ale jak widać zdolny rzeźbiarz Felice Festa, a upamiętnia ona księżną Gabriellę Scaglia di Saluzzo.
• Obok znajduje się mała kaplica poświęcona Niepokalanemu Poczęciu Marii, zwana Cappella Capranica,  z obrazem cenionego malarza barokowego Piera Francesco Moli z połowy XVII wieku. 

Schodząc schodami w dół, po lewej stronie w nawie bocznej ujrzymy prawdziwie barokową scenerię nagrobkową z jej upodobaniem do alegorii, spiętrzonych emocji i motywów wanitatywnych.

Nawa lewa (patrząc od wejścia)

• W ostatniej kaplicy lewej nawy obiektem godnym uwagi jest barokowy nagrobek weneckiego kardynała Pietro Bassadonny (1684), pochodzącego ze starożytnego rodu znanego erudyty i znawcy literatury greckiej. Jego autorem był kolejny, acz drugoplanowy uczeń i naśladowca wielkiego Berniniego – Filippo Carcani. Ze skromnym popiersiem zadumanego kardynała wspaniale kontrastują odkryte, pełne piersi towarzyszącej mu alegorii Męstwa, której erotyczną wymowę równoważy stateczna i nader przyzwoita alegoria Wiary. Całość dopowiadają w partii cokołu świetnie wykonane w płaskim reliefie sylwetki Śmierci – jedna z klepsydrą, druga z kosą w piszczelach. Wszystkie te elementy czynią z tego nagrobka wspaniały teatr barokowych emocji, czyli coś, co rozgrywa się pomiędzy myślą o znikomości ludzkiego żywota i akceptacją jego zmysłowości.

• Kolejna kaplica poświęcona jest Archaniołowi Michałowi, a ukazujący go obraz to ponownie dzieło Pier Francesco Moli. 
• Tuż za nią rozpościera się na pewno najbardziej monumentalny grobowiec tego kościoła, poświęcony kardynałowi Luigiemu Aloisio Prioli (jego wujem był wspomniany Pietro Bassadonna). Ten późnobarokowy pomnik nagrobny (1720) wykonany został przez Francesco Moderatiego i przedstawia duchownego, ujętego w geście religijnego uniesienia, któremu towarzyszą dwie alegorie, zapewne będące wyznacznikiem jego drogi życiowej: Sprawiedliwość (po lewej) i Miłosierdzie (po prawej). Obiekt ten pokazuje, jak w przeciągu niespełna 40 lat zmieniła się sztuka – statyka i pewne wyciszenie widoczne w pomniku wuja, w nagrobku jego siostrzeńca ustępują miejsca wręcz rokokowemu rozedrganiu i poruszeniu.
• Kolejna okazała kaplica poświęcona jest Gregorio Barbarigowi, kardynałowi z drugiej połowy XVII wieku, który już za życia cieszył się opinią człowieka pobożnego, oddanego ewangelizacji i pomocy biednym. Świętym został co prawda dopiero w 1960 roku, ale już w XVIII wieku stworzono mu, jako błogosławionemu, kaplicę, którą ozdobił uczeń Antonia Canovy – klasycysta Antonio d’Este. 
• W pierwszej niszy kościoła znajduje się nagrobek kardynała Marcantonio Bragadina, stworzony przez kolejnego ucznia Gian Lorenzo Berniniego – Lazzaro Morellego (2. poł. XVII w.). W tej wyważonej kompozycji zrezygnowano z alegorii – główną rolę odgrywają tu putta, które podtrzymują herb oraz owalne tondo, z którego spogląda dumna twarz dostojnika.
• I wreszcie czas przejść do ostatniej kaplicy bazyliki – tej poświęconej Matce Boskiej Bolesnej. Znajduje się w niej ciekawy obraz Opłakiwanie Chrystusa, albo inaczej Pieta, autorstwa XVII-wiecznego malarza i freskanta Bernardina Gagliardiego, któremu świątynia zawdzięcza też liczne freski. 

Wychodząc z kościoła, należy zatrzymać się jeszcze na chwilę w jego przedsionku. Znajdują się w nim wmurowane w ściany elementy starożytne, tablice inskrypcyjne, między innymi ta wyliczająca dzieła papieża Pawła II, oraz inne artefakty pochodzące z wczesnochrześcijańskiej budowli, a także te wyrzucone z kościoła po kolejnych modernizacjach (fragmenty baldachimu z XII wieku). Ale nie tylko. Po lewej (patrząc od portyku wejściowego) znalazła się zniszczona inskrypcja nagrobna Vanozzy Cattanei – wieloletniej metresy papieża Aleksandra VI i matki jego czwórki dzieci, w tym Lukrecji i Cesare Borgii. Początkowo ta oddana Kościołowi matrona spoczywała w kościele Santa Maria del Popolo, ale niechętni Aleksandrowi VI jego następcy na stolcu Piotrowym, w tym papież Juliusz II, zrobili wszystko, aby zatrzeć pamięć o nim i jego rodzinie. Z grobu Vanozzy pozostała jedynie ta inskrypcja, która w XVI wieku służyła zapewne jako płyta posadzkowa, zanim wmurowano ją w ścianę.  Warto zwrócić też uwagę na flankujące portal bazyliki dwa leżące lwy, które witają i żegnają przybywających.