Basili (Basileios) Bessarion urodził się w rodzinie rzemieślniczej na wybrzeżu Morza Czarnego, na terenach dzisiejszej Turcji. Literatury i religii uczył się w Konstantynopolu, gdzie wstąpił do zakonu bazylianów. Dalsze studia prowadził w greckiej Mistrze, poznając zagadnienia z zakresu nauk przyrodniczych i astronomii, ale przede wszystkim zaznajamiając się z filozofią platońską. To tam zrodził się nurt filozoficzny, który pragnął ożywić starożytne bóstwa w duchu chrześcijaństwa. Zasoby intelektualne w połączeniu z duchem ascezy pozwoliły Bessarionowi pozyskać tytuł metropolity Nicei (miasta położonego niedaleko Konstantynopola). Wobec osmańskiego zagrożenia czyhającego na Bizancjum, skupił się jednak przede wszystkim na próbach pojednania rozłączonych Kościołów – wschodniego i zachodniego. Ich połączenie pomogłoby, albo nawet wymusiłoby na Zachodzie pomoc, w walce z Turkami. Dzięki swym zabiegom Bessarion stał się znaczącą postacią bizantyjskiej delegacji podczas obrad soborów w Ferrarze (1438) i we Florencji (1439), które miały na celu zakończenie trwającej od 1054 roku schizmy i stworzenie jednej doktryny wiary. Początkowo prezentował dość usztywnione stanowisko względem Kościoła rzymskiego, ale z czasem stawał coraz bardziej po stronie papieża i popierał jego przywódczą rolę. Za wszelką cenę pragnął doprowadzić do unii, przekonując swoją delegację do ustępstw. Po powrocie do Konstantynopola idea pojednania upadła, gdyż wierni prawosławni, jak i ich przywódcy podejrzliwie patrzyli na wynegocjowane, ale dalece ich niesatysfakcjonujące stanowisko delegacji bizantyjskiej. Wyniesienie Bessariona przez papieża Eugeniusza IV do rangi rzymskiego kardynała, które miało być początkiem przymierza obu Kościołów, dolało oliwy do ognia. Oskarżany o sympatyzowanie z Rzymem i zdradę własnej religii, Bessarion wyjechał i osiadł w Wiecznym Mieście. Zamieszkał nieopodal swojego kościoła tytularnego, Santi Apostoli w Palazzo Colonna. W nowej ojczyźnie zajął się początkowo reformą wspólnot bazyliańskich na południu Włoch. Przywrócił w nich dyscyplinę i ducha ascezy. Drugim zakonem, który wspierał, byli oddani mu franciszkanie.

Jego nieposzlakowana opinia robiła w Rzymie wrażenie, podobnie jak zakonny habit, którego nie zdejmował, i długa broda, którą nosił na modłę wschodnią. Był Grekiem i chciał podkreślać swoje korzenie, toteż mimo wciąż spływających na niego tytułów i kościelnych urzędów pozostawał rygorystyczny w życiu i zachowaniu. Miasto zyskało w nim też wybitnego humanistę, znawcę kultury greckiej, któremu w trakcie pontyfikatów kolejnych papieży przypadła rola animatora życia intelektualnego. Założył nieformalną Akademię, w której gronie znalazł się między innymi bibliotekarz Bartolomeo Platina, a której zadaniem było zbieranie dorobku greckich filozofów, propagowanie greki, ale przede wszystkim „odkrywanie” na nowo filozofii Platona i rozpowszechnianie jego mało znanych na Zachodzie dzieł i myśli. I to Bessarionowi zawdzięczamy w dużej mierze rozwijany w dobie renesansu pogląd, że rozumna wiara chrześcijańska opiera się na połączeniu filozofii Platona z filozofią Arystotelesa (patrz: Szkoła ateńska Rafaela). Sam kardynał napisał kilka własnych dzieł, w których wypowiadał się przeciw arystotelizmowi świętego Tomasza z Akwinu, ale jego główną zasługą było przetłumaczenie na łacinę Metafizyki Arystotelesa.

Gdy w 1453 roku do Rzymu dotarła wieść o upadku Konstantynopola, Bessarion poświęcił się sprawie krucjaty mającej na celu odbicie miasta. Zyskał wsparcie papieża Piusa II i z entuzjazmem szukał sprzymierzeńców dla tego pomysłu na dworze francuskim i w Wenecji. Śmierć papieża (1464) ostatecznie położyła kres projektowi, budząc gorycz i rozczarowanie kardynała. Resztę swego życia spędził on na pracy intelektualnej. Mieszkał w Palazzo Colonna oraz w znajdującej się poza granicami miasta małej posiadłości (casina kardynała Bessariona) przy via di Porta S. Sebastiano, ale miastem, w którym czuł się najlepiej i z którym wciąż wiązał wielkie nadzieje na odzyskanie Konstantynopola, była Wenecja (zwana drugim Bizancjum). I to właśnie temu miastu Bessarion podarował swój bogaty zbiór rękopisów i inkunabułów przywiezionych z Konstantynopola, z czasem poszerzony o nowe nabytki. W sumie przekazał miastu nad laguną około tysiąca stu dzieł greckich i łacińskich, które stanowiły podwaliny znakomitej biblioteki publicznej (Biblioteca Marciana). Życzeniem ofiarodawcy było, aby z dzieł tych mógł korzystać każdy.

Pomysł sojuszu przeciw Turkom ożył jeszcze raz za pontyfikatu Sykstusa IV, ale mimo podróży Bessariona i prowadzonych dyplomatycznych rozmów nie udało się pozyskać dla tej idei katolickiej Europy. Po prawie dwudziestu latach bezskutecznych prób ratowania Konstantynopola w trakcie jednej z takich podróży Bessarion zmarł. Pochowany został w podarowanej mu przez papieża kaplicy w kościele Santi Apostoli (kaplica kardynała Bessariona), którą już za życia kazał odpowiednio udekorować. Kaplica zachowała się jedynie fragmentarycznie, a pochodzące z niej epitafium wmurowane jest obecnie w ścianę wirydarza klasztoru Franciszkanów znajdującego się opodal. Doczesne szczątki kardynała przeniesiono w 1957 roku do kaplicy Najświętszego Sakramentu w tymże kościele.