Obelisk stanął we wschodniej części spiny dawnego hipodromu (Circus Maximus). Powalony lub zniszczony w czasach późnego antyku, rozpadł się na kilka części. Z czasem przysypany ziemią, przeleżał tak aż do XV wieku, kiedy ponownie go odkryto. Ponieważ nie wiedziano, co z nim zrobić, popadł w zapomnienie aż do końca następnego stulecia, gdy wielki budowniczy, papież Sykstus V,  nakazał go naprawić i na nowo ustawić jako główną ozdobę Piazza del Popolo (1589). Tę skomplikowaną z inżynierskiego punku widzenia pracę cesarz powierzył faworyzowanemu przez siebie architektowi Domenico Fontanie. Ten wykazał się już sprytem i wiedzą przy ustawianiu innego obelisku na placu św. Piotra (Piazza di San Pietro), co było pracą jeszcze bardziej złożoną. Inskrypcja i herb papieski widnieją pod krzyżem (trzy góry i gwiazda) i upamiętniają w ten sposób dzieło papieża z rodu Peretti.

Obelisk witał przyjezdnych przybywających do Rzymu od strony północnej (via Flaminia) i był symbolem sławetnej przeszłości miasta, którą wprzężono w chwałę Kościoła rzymskiego i jego ziemskiego przedstawiciela na ziemi – papieża. Istniejąca w tym miejscu od 1570 roku fontanna projektu Giacomo della Porty została przesunięta w kierunku via del Corso.

Dopiero w XIX wieku w ramach modernizacji i upiększania placu obelisk ozdobiono posągami lwów, z których pysków wydobywa się woda. Pracę tę powierzono znakomitemu architektowi tego czasu – Giuseppe Valadierowi. Wtedy też fontannę della Porty usunięto, a ostatecznie znalazła się ona na Piazza Nicosia.

Obelisk Flaminio to, po obelisku laterańskim, drugi tego typu obiekt, który Rzymianie przetransportowali z Egiptu. Jego nazwa wywodzi się ze wspomnianej już, prowadzącej do Rzymu starożytnej via Flaminia, która dała też nazwę bramie miejskiej Porta Flaminia, czyli dzisiejszej Porta del Popolo.