W 1655 roku Fabio Chigi został wybrany na papieża. Jeszcze przez rok wzbraniał się przed sprowadzeniem do Rzymu swej rodziny, twierdząc, że jako Chigi ma krewnych, natomiast jako papież – tylko wiernych. Szybko jednak zrewidował te poglądy i w drugim roku pontyfikatu wręczył swemu bratankowi kardynalski kapelusz, co jednak obwarowane zostało pewnymi wymogami. Flavio musiał przyjąć święcenia kapłańskie i przez rok pozostawać pod kuratelą jezuitów. Było jednak warto. Ranga kardynała nepota zapewniła mu znaczące stanowiska państwowe (począwszy od kierowania polityką zagraniczną, na kwestiach zdrowia kończąc) i kościelne (stał na czele około trzydziestu różnych kongregacji), które dawały mu nie tylko prestiż, ale też znaczące dochody. A z nimi Flavio, jako potomek rodziny bankierów, najwyraźniej wiedział, co robić. Z zapałem nabywał grunty i nieruchomości w Lacjum, odkupując je od innych arystokratów, w tym miasteczko Ariccia, gdzie stworzył swą pozarzymską rezydencję.

Oprócz tego interesował się dobrą kuchnią, modą i polowaniami. W latach sześćdziesiątych wprowadził na rzymskie ulice luksusowe francuskie powozy. Kardynał uchodził też za prawdziwego trendsettera w dziedzinie ubioru. Jego kreacje były szeroko komentowane, tym bardziej że uchodził za mężczyznę nad wyraz atrakcyjnego.

W Wiecznym Mieście zajmował pałac na Piazza Santi Apostoli (dziś zwany Palazzo Chigi-Odescalchi). Kardynał zakupił go, rozbudował, a jego dekorację powierzył Gian Lorenzo Berniniemu. Architekt stworzył przy tej okazji jedną z najbardziej unikalnych fasad pałacowych w całym Rzymie. Ale nie tylko. Wnętrze rezydencji, z racji panującego w niej przepychu, cieszyło się opinią jednego z najwspanialszych w mieście. Kryło (wg inwentarza z 1670 r.) 839 dzieł malarskich. Wyjątkowe zainteresowanie budziła wypełniona lustrami i stiukami kardynalska sypialnia, w której znajdowało się wspaniałe łoże. Trzeba przy tym dodać, że udzielanie audiencji w łóżku nie stanowiło w tym czasie jakiejś specjalnej ekstrawagancji. Kardynał nie był szczególnie chorowity, ale każdy gorszy stan zdrowia „leczyło się” pozostawaniem w łóżku, a przyjmowanie w nim delegacji, petentów i gości stwarzało jeszcze jedną okazję do demonstracji własnego prestiżu i dobrego gustu, który w przypadku Flavia niekoniecznie karmił się chrześcijańskimi motywami. Wspomniane łoże było nie tylko bogato dekorowane pozłacanymi kolumnami i wyścielone atłasem, miało też – jak na owe czasy przystało – baldachim. Od środka zdobiło go malowidło. Co przedstawiało? Nie, nie niebiosa bądź glorie męczenników, na jakich skupiać by się mogły myśli zasypiającego nepota. Scena była bardzo pogańska, żeby nie powiedzieć wysoce erotyczna. Dojrzymy tam nagie, ciało Endymiona – pasterza, którego bogowie ukarali wiecznym snem, zachowując na wieki jego młodzieńczą urodę. Bogini Diana zdaje się nie baczyć na stan uśpienia przepięknego młodzieńca i się w nim zakochuje. Jej zaloty nie zostają jednak odwzajemnione, gdyż Endymion nie tylko pogrążony jest we śnie, ale też utracił wszelkie ziemskie pożądanie. Jaki z tego wniosek? Co chciał nam przekazać malarz Baciccio, autor malowidła, a tym samym jego instruujący go zleceniodawca? Dla ziemskich pokus kardynał jest martwy i nieczuły. No cóż, jak wiadomo, do grona jego faworyt należała nie tylko znana śpiewaczka Angelica Voglia, ale też Maria Mancini – żona księcia Colonny, co uznawano za prawdziwy skandal.

Z kolei w Aricci kardynał stworzył galerię składającą się z wizerunków 36 najpiękniejszych rzymianek. Kupował też i zamawiał obrazy o tematyce mocno oddalonej od kwestii religijnych, a jego ulubionym malarzem był wspomniany Baciccio. Autorem kilku portretów samego Flavia był natomiast działający w Rzymie Flamandczyk Ferdinand Voet. Jeden z nich godny jest szczególnej uwagi: przedstawia kardynała nepota w sposób zdecydowanie prywatny – w eleganckim szlafroku.

O ile w czasie pontyfikatu Aleksandra VII polityka mało interesowała kardynała, o tyle po jego śmierci wykazywał się w zakulisowych rozgrywkach ogromną przebiegłością i inteligencją, grupując wokół siebie kardynałów wybranych przez swego wuja, którzy stanowili silną partię dążącą do nominacji papieskich sprzyjających ich interesom.

Jak przystało na przedstawiciela rodu Chigi, kardynał Flavio został pochowany w rodowej kaplicy Chigich w bazylice Santa Maria del Popolo.

Natomiast wspomniane malowidło, zdobiące wewnętrzną część kardynalskiego baldachimu, znajduje się obecnie na suficie tzw. salonu Owalnego w pałacu Chigich, pełniącym funkcję siedziby premiera republiki.