Podczas prac archeologicznych natrafiono w podziemiach kościoła na mozaiki podłogowe datowane na czasy republiki, sięgające III wieku p.n.e. i świadczące o tym, że niegdyś znajdowała się tu ekskluzywna dzielnica willi i ogrodów. Na budynkach mieszkalnych datowanych z kolei na III i IV wiek n.e. zbudowano dużą salę z absydą (ecclesiae Apostolorum), przeznaczoną najprawdopodobniej do ceremonii chrześcijańskich. Wykorzystano ją przy budowie kolejnej świątyni (połowa V w.), za czasów papieża Sykstusa III, początkowo poświęconej dwóm męczennikom rzymskim – Piotrowi i Pawłowi. Fundatorką budowli była Licynia Eudoksja, żona ówczesnego cesarza imperium zachodniego – Walentyniana III.   I tu zaczyna się legenda. Ponoć w posiadaniu cesarzowej znajdowały się wyjątkowe relikwie – kajdany św. Piotra, które jej matka (Aelia Eudoksja) nabyła w czasie pielgrzymki do Jerozolimy. Według tradycji był w nie skuty apostoł w 44 roku, podczas pobytu w tamtejszym więzieniu. Licynia Eudoksja miała je z kolei podarować następcy Sykstusa III, papieżowi Leonowi I. I tu następuje druga odsłona legendy. Okazało się, że inne kajdany Piotrowe, te z więzienia rzymskiego (Mamertinum), będące w posiadaniu wspomnianego papieża Leona I, w cudowny sposób połączyły się z tymi jerozolimskimi. Informacje pochodzące z V wieku potwierdzają, że w tym czasie owiane świętością okowy znajdowały się już w omawianym kościele i to one ostatecznie zadecydowały o jego nowej, przyjętej w VI wieku nazwie – „św. Piotra w Okowach” (in vincoli). One też stały się główną atrakcją pielgrzymich peregrynacji do tego miejsca. Sam kościół od początku swego istnienia cieszył się wielką estymą. Należał do grupy świątyń tzw. stacyjnych, w których kultywowano zwyczaj stacji wielkopostnych, a więc powiązanych z procesją nabożeństw, celebrowanych każdego dnia Wielkiego Postu w innym kościele Rzymu. W nim też w 533 roku wybrano na papieża Jana II, podobnie jak ponad pięćset lat później, w roku 1073, Grzegorza VII.

Dziś stojąc we wnętrzu bazyliki, wciąż możemy dostrzec wczesnochrześcijańską budowlę cesarzowej. Przypomina o niej szeroka nawa główna, otwierająca się rzędem doryckich kolumn na dwie wąskie nawy boczne oraz szeroka absyda w partii ołtarzowej.

W kolejnych wiekach kościół popadał w ruinę, szczególnie w okresie średniowiecznej bytności papieży w Awinionie (niewola awiniońska). Jego gruntowną modernizację w połowie XV wieku przedsięwziął jego tytularny kardynał Mikołaj z Kuzy, który nie tylko uratował kościół przed zawaleniem się, ale po śmierci pozostawił znaczną sumę pieniędzy, którą kolejni opiekunowie tego przybytku wykorzystali na jego modernizację. Zadanie to przypadło w udziale dwóm kardynałom z rody della Rovere – Francesco, który w 1471 roku został papieżem Sykstusem IV, i jego bratankowi Giuliano, który w 1503 roku również sięgnął po papieską tiarę jako Juliusz II. Przypomnijmy: pierwszemu z nich zawdzięczany wzniesienie kaplicy Sykstyńskiej w zespole pałacowym na Watykanie, drugiemu – jej ozdobienie freskami przez boskiego Michała Anioła.

Czas zacząć zwiedzanie kościoła. Na ogół rozpoczyna się je od dzieła Michała Anioła znajdującego się w prawym transepcie. Wita nas tam monumentalny pomnik nagrobny papieża Juliusza II. Miał on być dla młodego jeszcze artysty jego najwspanialszym dziełem, obiektem zapierającym dech w piersiach, który postawiłby w cieniu wszystko, co do tej pory stworzono w marmurze. Stanowił prawdziwe wyzwanie artystyczne, o jakim wprost marzył ambitny rzeźbiarz. Stał się jednakże jego życiowym problemem, zmorą, udręką i największym artystycznym zawodem. Gdy Michał Anioł przystępował do pracy, pomnik miał mieć czterdzieści figur, kilka kondygnacji i bardziej przypominać mauzoleum niż grobowiec. Jednak inne pomysły i zlecenia nie pozwoliły papieżowi Juliuszowi II na zrealizowanie tego zamierzenia – przeraził go ogrom kosztów, nieziemska wizja artysty, ale być może też nielicujący z papieską powagą przepych – wszystko to spowodowało, że zaniechano realizacji tego projektu. Powrócono do niego już w uszczuplonej formie po śmierci papieża, ale inne zlecenia Michała Anioła nie pozwalały mu skupić się nad tak wielkim przedsięwzięciem. Ostatecznie w 1545 roku, a więc czterdzieści lat po pierwotnym zamówieniu, zrealizowano – przy dużym współudziale uczniów artysty – szósty z kolei projekt, który w stosunku do początkowych założeń był jedynie marnym kompromisem. Z wielkiej pierwotnej koncepcji pozostał w Rzymie tylko imponujący i budzący podziw Mojżesz oraz osobiście wykute przez Michała Anioła figury Lei i Racheli (symbole życia aktywnego i kontemplatywnego), a także – niedawno również uznana za jego dzieło – postać leżącego papieża Juliusza II. Pomnik ten przeznaczony był początkowo dla bazyliki San Pietro in Vaticano, której Juliusz II był głównym pomysłodawcą i fundatorem, i w której podziemiach ostatecznie spoczął. Tyle że jego imię upamiętnia w niej tylko wmurowana płyta epitafijna (Mojżesz Michała Anioła).

W bazylice św. Piotra w Okowach tuż obok pomnika znajduje się, po lewej stronie, na ogół niedostrzegany ołtarz z obrazem świętej Małgorzaty, wykonanym przez znanego i cenionego malarza doby baroku – Guercina. Odwracając się od arcydzieła Michała Anioła i kierując wzrok poniżej poziomu posadzki, dostrzeżemy główną relikwię kościoła – okowy św. Piotra, wbudowane w konfesję i zadaszone monumentalnym XIX-wiecznym baldachimem. Gdy podniesiemy wzrok i skierujemy go w kierunku absydy, ujrzymy malarską opowieść dotyczącą wspomnianych kajdan. Po prawej wprowadzeni zostaniemy do więzienia, gdzie cudownym sposobem, wykorzystując nieuwagę zmożonych snem strażników, anioł uwalnia Piotra. W części środkowej dostrzeżemy cesarzową Aelię Eudoksję, która w czasie podróży do Jerozolimy otrzymuje od tamtejszego biskupa Juwenalisa kajdany apostoła. W trzeciej, prawej odsłonie widzimy natomiast, jak jej córka przekazuje je papieżowi Leonowi I. Autorem tych fresków był przedstawiciel manieryzmu Jacopo Coppi (1577).

Gdy spojrzymy jeszcze wyżej, zobaczymy kompozycję składającą się z wielu scen, której tematem jest Cud krzyża z Bejrutu. Jest to swoisty moralitet mający zaświadczać o wyższości katolicyzmu nad judaizmem. Pokrótce streszczając barwną opowieść – jest to historia krzyża znalezionego i zbezczeszczonego przez Żydów w Bejrucie w czasach Konstantyna IV, w domu żyjącego tam chrześcijanina. Krew, która nagle spłynęła z krzyża, wzbudziła nie tylko ich zdziwienie, ale – jak się okazało – była cudownym środkiem do uzdrowienia wszystkich, którzy znaleźli się w pobliżu. W obliczu cudu sami Żydzi zanieśli krzyż do tamtejszego biskupa, nawrócili się na chrześcijaństwo, dali się ochrzcić, a swoją synagogę przeznaczyli na kościół, nadając mu imię Jezusa Chrystusa.

Oprócz pomnika Michała Anioła i rzucających się w oczy już od wejścia fresków w absydzie, kościół ma do zaoferowania kilka innych, godnych uwagi obiektów.

W prawej nawie (patrząc od ołtarza)

•     Znajduje się imponujący barokowy nagrobek kardynała Mariano Pietro Vecchiarellego (1639). Mamy tu do czynienia z popularnym w sztuce baroku swoistym danse macabre w wykonaniu dwóch kościotrupów, które flankują tondo z portretem zmarłego. Przypominać mają o znikomości i marności ludzkiego żywota i wszystkich ludzkich spraw w obliczu nieuchronnej śmierci. Godna uwagi jest też posadzka znajdująca się przed tym monumentem, wykonana z kolorowych marmurowych płytek (herb rodu) w technice pietra dura.
•         Widoczna tuż obok bizantyńska mozaika z VII wieku przedstawia św. Sebastiana.  Przypuszczalnie znalazła się tu jako ex voto w podzięce za zakończenie nękającej miasto zarazy w 680 roku. Najprawdopodobniej stanowiła część zdemontowanego w XVI wieku ołtarza poświęconego temu świętemu – wyzwolicielowi od epidemii.

•       Kolejny nagrobek należy do siostrzeńca i nepota papieża Klemensa VIII, a przy tym protektora pisarza Torquata Tasso – kardynała Cinzio Passeri Aldobrandiniego (1707) i jest jakby kwintesencją sztuki sepulkralnej doby późnego baroku. Francesco Carlo Bizzaccheri stworzył dla niego oprawę architektoniczną, a działający w Rzymie znakomity francuski rzeźbiarz Pierre Legros z finezją, ale też z pewną dozą humoru ukazał personifikację Śmierci. Z zapadniętymi oczodołami, kostucha trzyma w górnych piszczelach kosę i klepsydrę, natomiast wychylające się zza sarkofagu piszczele dolne tworzą taneczny wręcz układ.
•     Podążając dalej, spoglądamy na ołtarz z obrazem manierysty silnie związanego z Rzymem, autora licznych dekoracji malarskich w tym mieście – Pomarancia (Cristoforo Roncalli), ukazujący scenę Opłakiwania Chrystusa.
•       Najbliżej wyjścia znajduje się reprezentujący całkowicie inną stylistykę nagrobek wspomnianego już opiekuna bazyliki – kardynała Mikołaja z Kuzy. Dzieło, tym razem o wczesnorenesansowej proweniencji, stworzone w 1464 roku, przedstawia św. Piotra, kardynała i anioła (wyzwoliciela apostoła z więzienia) i przypisywane jest znakomitemu artyście tamtych lat, Andrei Bregno. Pochodzący z okolic Trewiru kardynał Kuza (a właściwie Nikolaus Krebs) był tytularnym kardynałem kościoła, ale oprócz tego filozofem, humanistą i uczonym, który prezentował nad wyraz odważne teorie na temat Układu Słonecznego.  
•       Tuż przy wyjściu znajduje się ciekawy nagrobek dwóch znaczących renesansowych artystów, pochodzących co prawda z Florencji, ale związanych prestiżowymi zleceniami z Rzymem – Antonia i Piera Pollaiuolo (1498). Starszy z nich był rzeźbiarzem i złotnikiem, młodszy – rzeźbiarzem, ale przede wszystkim zdolnym malarzem. To ich dziełem są znajdujące się w bazylice watykańskiej pomniki nagrobne papieży Sykstusa IV i Innocentego VIII. Powyżej głów artystów dojrzymy natomiast fresk ukazujący Procesję w intencji uwolnienia od zarazy w roku 1476.  Dzieło nieznanego autora powstało około 1500 roku.

W dawnej antyzakrystii, w której dziś znajduje się sklepik z pamiątkami, na jednej ze ścian dostrzeżemy obraz wybitnego barokowego malarza Domenichina przedstawiający Uwolnienie św. Piotra (1604).

Wychodząc, warto jeszcze rzucić okiem na sklepienie nawy głównej. Dojrzymy tam pochodzący z początku XVIII wieku fresk ukazujący cudowną moc kajdan św. Piotra, tym razem w akcie wręcz egzorcystycznym. Jego autorem jest późnobarokowy malarz Giovanni Battista Parodi. Tematem tego ciekawego malowidła jest wypędzenie demona z grafa należącego do przybyłego do Rzymu dworu cesarza rzymskiego narodu niemieckiego Ottona I. Obrzędu dokonuje papież Jan XII.

Zanim pożegnamy definitywnie ten piękny kościół, warto skierować kroki do znajdujących się nieopodal zabudowań dawnego klasztoru. W XIX i XX wieku przebudowano go na Wyższą Szkołą Budownictwa i Inżynierii, ale dziedziniec zachował się do dziś (wejście przez główne drzwi uczelni). Jego centralny punkt zajmuje siedemnastowieczna fontanna i studnia z początku XVI wieku, z dobrze widocznymi herbami (dąb) obu papieży z rodu della Rovere – Sykstusa IV i Juliusza II. W kompleksie bazyliki San Pietro in Vincoli to oni sfinansowali między innymi renesansowy portyk wejściowy o pięciu arkadach i te właśnie krużganki. Ich projektantem był pochodzący z Florencji architekt Giuliano da Sangallo, brat Antonia da Sangallo.