Pierwsza budowla sakralna stanęła w tym miejscu już w IV wieku. Wybór lokalizacji nie był przypadkowy: według tradycji to właśnie tutaj znajdowała się balia z wrzącym olejem, w której rzymscy prześladowcy mieli torturować św. Jana Ewangelistę. Cudowne ocalenie apostoła stało się jednym z fundamentów lokalnego kultu, a w miejscu męczeństwa wzniesiono kościół, który miał upamiętniać zarówno jego cierpienie, jak i boską interwencję.

Pierwotna świątynia była skromna, ale jej znaczenie rosło wraz z rozwojem chrześcijaństwa w Rzymie. Już w V wieku dokonano pierwszej poważnej przebudowy, nadając obiektowi formę bardziej odpowiadającą jego randze. Kolejne ingerencje architektoniczne miały miejsce w VIII wieku, kiedy papieże intensywnie odnawiali rzymskie kościoły.

Najważniejsza modernizacja kościoła nastąpiła jednak w XII wieku i w tej formie przetrwał on właściwie do dziś. Bo budowla stanowi jeden z najczystszych przykładów romańskiej architektury, zachowanej niemal w pierwotnym stanie.

Zobaczymy to, przekraczając już jej próg. W środku nie ma barokowych dodatków i nie ma przepychu i ten brak późniejszych ingerencji sprawia, że przestrzeń jest surowa, klarowna i niezwykle harmonijna.

Wnętrze jest trójnawowe, podzielone kolumnami, które według tradycji miały pochodzić z pogańskiej, znajdującej się w okolicy, świątyni Diany. To częsty motyw w dziejach rzymskich kościołów: chrześcijaństwo nie tylko zajmowało przestrzeń dawnych kultów, ale także dosłownie przejmowało ich materialne elementy. Kolumny w San Giovanni a Porta Latina są więc nie tylko konstrukcją, lecz także symbolem przejścia od starego porządku religijnego do nowego.

Fasadę poprzedza pięcioarkadowy portyk z granitowych kolumn dźwigających jońskie kapitele, ale elementem najbardziej malowniczym jest zapewne powstała w 1191 roku romańska, sześciopoziomowa kampanila, która do dziś stanowi jeden z najpiękniejszych przykładów średniowiecznej architektury sakralnej w Rzymie. Smukła wieża, zdobiona oknami typu triforium, wznosi się nad kompleksem niczym strażnik dawnych czasów. Jej proporcje, rytm arkad i surowość ceglanej konstrukcji idealnie współgrają z bazyliką, tworząc harmonijną całość.

Wracając do wnętrza – jest ono jasne i surowe — światło wpada do niego przez małe okna, umieszczone wysoko pod sklepieniem, i rozlewa się po ścianach, na których widać lekko wypłowiałe freski. Cykl malarski dekorujący nawę główną składa się z czterdziestu sześciu scen przedstawiających sceny ze Starego i Nowego Testamentu. Wykonany w 1190 roku, jest jednym z najcenniejszych przykładów średniowiecznego malarstwa narracyjnego w Rzymie. Choć dziś jego barwy są stonowane, a kontury mocno zatarte, wciąż zachwyca rozmachem, a patrzący ma wrażenie, że śledzi średniowieczne „komiksy”, które miały uczyć, prowadzić, opowiadać.

W XII wieku powstały także freski w prezbiterium, przedstawiające symbole ewangelistów oraz dwudziestu czterech Starców Apokalipsy. To dzieła o niezwykłej sile wyrazu, łączące surowość romańskiej stylistyki z głęboką teologiczną symboliką.

Z tego samego okresu pochodzi również posadzka, którą do dziś przemierzają odwiedzający — geometryczna, rytmiczna, typowa dla średniowiecznych kościołów rzymskich.

Możemy zapytać, jak to się stało, że wnętrze to zachowało swój pierwotny wystrój? Zaiste, nie zawsze prezentowało tak piękną surowość. W XVI i XVII wieku kościół poddawano kolejnym przebudowom, zgodnie z ówczesnymi gustami i potrzebami liturgicznymi. Zmieniano układ wnętrza, dodawano nowe dekoracje. Dopiero podczas wielkiej renowacji w latach 1940–1941 zdecydowano się przywrócić świątyni jej oryginalny średniowieczny wygląd. Usunięto późniejsze dodatki, odsłonięto romańskie struktury, odrestaurowano freski i posadzkę.

Z kościołem wiąże się również epizod, który trwale zapisał się w historii Rzymu jako przykład moralnego skandalu. W XVI wieku w bazylice zawiązało się sekretne męskie bractwo, którego członkowie – duchowni i świeccy – spotykali się w niej, aby biesiadować oraz zawierać między sobą związki małżeńskie, których wzajemnie sobie udzielali.

20 lipca 1578 roku aresztowano jedenastu członków bractwa. Skazano ich na śmierć przez powieszenie za przestępstwo sodomii i profanację instytucji małżeństwa. Wyrok wykonano na moście Sant’Angelo 13 sierpnia 1578 roku, a ciała skazańców spalono. Założyciel bractwa uniknął kary — jego udział w orgiach został zatuszowany. Dwóm innym mężczyznom darowano życie w zamian za złożenie obciążających zeznań.

Fakt, że członkowie bractwa zawierali między sobą symboliczne małżeństwa, jest jednym z najwcześniej udokumentowanych przykładów rytualizacji związków jednopłciowych w nowożytnym Rzymie. Sprawa z 1578 roku była na tyle głośna, że przez pewien czas pojawiała się w kazaniach i moralizatorskich tekstach jako przykład „zgubnych skutków tajnych zgromadzeń”.