W mitologii egipskiej historia Izydy zaczyna się od rodzinnego mordu. Zrodzeni z boskich rodziców (Geba i Nut) bliźniacy Izyda i Ozyrys sprawowali rządy nad żyzną doliną Nilu, podczas gdy ich brat Set panował nad pustynią. Konflikt był nieuchronny, a jego przyczyną była zazdrość Seta o urodzajne ziemie znajdujące się we władaniu Ozyrysa i poślubionej przez niego siostry. Set zabił brata, po czym poćwiartował jego ciało na czternaście części i rozrzucił po całym Egipcie, tak by pozbawić go szansy na życie nawet w zaświatach. Według wierzeń egipskich tylko dobrze zachowane ciało (dzięki mumifikacji) mogło dostąpić tego przywileju. Izyda zebrała jednak poćwiartowane zwłoki brata-małżonka, ale jednej części zabrakło. Był to penis, wrzucony przez Seta do Nilu i pożarty przez ryby. Izyda uformowała męski członek z gliny i angażując swoją boską siłę, przywróciła Ozyrysa na kilka chwil do życia. Potem, przyjąwszy postać jastrzębia, uniosła się nad nim i niedługo potem wydała na świat syna Horusa.

Odtąd każdy władca Egiptu uważał się za potomka Izydy i Ozyrysa. Opowieść tę przekazał starożytnym Grekom w V wieku p.n.e. w swoich pismach Herodot, ci zaś szybko utożsamili Izydę z Afrodytą, Ozyrysa z Dionizosem, a Horusa z Apollinem. Kupcy greccy rozpowszechnili kult boskich rodziców w całym rejonie Morza Śródziemnego, a grecka wyspa Delos stała się pierwszym jego ośrodkiem. Gdy Aleksander Wielki zapanował nad Egiptem, uznał się za potomka Horusa/Apollina, a tym samym następcę egipskich faraonów.

W Rzymie kult Izydy zaczął się rozpowszechniać wraz z napływem innych religii misteryjnych, które w wielokulturowym mieście szybko się rozprzestrzeniały dzięki przybywającej z Bliskiego Wschodu i Egiptu ludności oraz kupcom i powracającym z wojen żołnierzom. Rzymianie, którzy zaanektowali ziemie w dolinie Nilu, a wraz z nimi przyjęli panteon bogów greckich, zaczęli oddawać cześć również Izydzie.

Niechęć do bogini zaczęła się szerzyć po przywiezieniu przez Cezara do Rzymu Kleopatry (władczyni Egiptu) i wystawieniu złotego posągu Izydy w kompleksie świątynnym poświęconym Wenus Genetrix na Forum Cezara. Gdy Cezar, podobnie jak Ozyrys, został zabity w skrytobójczym zamachu, pozostawiając spłodzonego z Kleopatrą syna, ta – powróciwszy do Egiptu – upatrywała w tragicznym zdarzeniu znaku od bogów i błogosławieństwa dla swych samodzielnych rządów w roli wcielonej Izydy. Dowód na to znajdziemy w świątyni w Denderze na prawym brzegu Nilu, gdzie na wysokich na cztery metry reliefach zobaczymy Kleopatrę-Izydę w koronie ozdobionej głową jastrzębia, dyskiem słonecznym i rogami krowy.

Gdy August pokonał Kleopatrę pod Akcjum w 31 roku n.e., zakazał w cesarstwie sprawowania kultu Izydy, nie tylko dlatego, że utożsamiała się z nią znienawidzona przez niego władczyni Egiptu, ale dla ochrony religii państwowej, której był pierwszym strażnikiem i kapłanem. Zwalczał on również inne misteryjne religie, które mogłyby zakłócić porządek w państwie. Ale mimo tego zakazu kult bogini się rozprzestrzeniał, a w Rzymie zapanowała wręcz moda na wszystko, co egipskie. Adorowano cierpiącą po stracie swego męża wierną żonę i czułą matkę trzymającą na kolanach syna. Szczególną estymą Izyda cieszyła się wśród rzymskich kobiet, które widziały w niej orędowniczkę w cierpieniach i radości macierzyństwa. Wznoszono do niej modły w nadziei na pomoc albo wstawiennictwo u innych bogów. Poprzez cierpienie, które stało się jej udziałem (wdowieństwo), i macierzyństwo, które było darem od bogów, postrzegano ją jako boginię przystępną, ziemską i współczującą, doskonale nadającą się do roli tej, która kieruje ludzkim losem i potrafi wszystko obrócić na korzyść swoich wyznawców. Jej adoratorki gotowe były na wiele wyrzeczeń, o których z niechęcią pisali kronikarze, twierdząc, że przez dziesięć dni spędzanych na misteriach Izydy kobiety odmawiały, ku niezadowoleniu mężczyzn, współżycia seksualnego. Aby przebłagać boginię, goliły głowy, rezygnowały z wygód, a nawet oddawały się daleko idącym praktykom pokutnym i postom, uznawanym za histeryczne.   Pisze o tym rzymski poeta Juwenalis, portretując ogarnięte religijną ekstazą wyznawczynie Izydy, które rzucały się do przerębli w zamarzniętym Tybrze, aby w lodowatej wodzie pokutować za przewiny, a potem na klęczkach – w błocie i krwi – sunęły do jej świątyni. Wśród bogatych adoratorek Izydy modne były też pielgrzymki do Egiptu, nie tylko w celu odwiedzenia jej świątyń, ale też kontaktu z życiodajnymi wodami Nilu.

Według rzymskiego pisarza i filozofa Apulejusza Izyda była panią losu i kto oddawał jej cześć na ziemi, mógł także liczyć na jej pomoc w zaświatach. Perspektywa ta zjednywała jej licznych czcicieli również wśród mężczyzn, gdyż w tradycyjnej rzymskiej religii świat podziemnych otchłani (Orkus) nie wydawał się specjalnie atrakcyjny, a nawet budził strach. Natomiast zaświaty w kulcie Izydy oferowały wizję zmartwychwstania, raju i spotkania z bogami. Lecz dostąpić ich mogli jedynie ludzie wtajemniczeni i kierujący się w życiu bliżej nam nieznanymi przykazaniami. Życie po życiu dawało nadzieję, proponowało sens (podobnie jak w mitraizmie i chrześcijaństwie), co skutkowało skupianiem się wokół jej kultu coraz szerszych grup społeczeństwa, na ogół osób biednych, chorych i odrzuconych.

Kult Izydy był bardzo rozpowszechniony we wszystkich zakątkach imperium, a cesarze podchodzili do niego w różny sposób. Niektórzy byli mu niechętni, jak Oktawian August i Tyberiusz, inni, jak Kaligula, wręcz przeciwnie. Ten ostatni zalegalizował oddawanie czci egipskiej bogini i kazał wystawić dla niej na Polu Marsowym wielką świątynię – tzw. Iseum Campense. Nie był to jedyny kompleks poświęcony Izydzie – inny znajdował się na Kapitolu.

W Izydzie widziano również opiekunkę portów i mórz. Inskrypcje pozostawiane w dedykowanych jej świątyniach dowodzą, że szukano jej wsparcia podczas dalekich zamorskich podróży. W tej odsłonie nazywana była Isis Pelagia. Od niej zależał też dobrostan mieszkańców Rzymu, gdyż pod jej opieką znajdował się cały transport sprowadzanych do miasta towarów. Czasem nazywano ją nawet Isis Invicta – Izydą Niezwyciężoną, nadając jej tym samym rangę wszechbogini.

Kult Izydy, podobnie jak kulty Kybele (Mater Magna), Mitry i Chrystusa, należał do najważniejszych misteryjnych religii w imperium rzymskim. Sprawowano go aż do momentu, gdy religią państwową stało się chrześcijaństwo (392). Od tego czasu zaczęto go stopniowo potępiać, świątynie ku czci Izydy zamykać albo burzyć, a kapłanów przepędzać. Ostatnia zachowana świątynia Izydy na wyspie File na Nilu (niedaleko dzisiejszego Asuanu) przetrwała aż do 535 roku – wtedy cesarz Justynian kazał ją zamknąć, a kapłanów uwięzić. W tym uświęconym miejscu wedle legendy Izyda odnalazła serce Ozyrysa.

A gdy nie było już miejsc jej kultu ani służących jej kapłanów, chrześcijanie postanowili Izydę zaanektować. Na soborze w Efezie w 431 roku ogłoszono Marię – postać, zarówno w Biblii, jak też w dotychczasowych rozważaniach teologicznych zupełnie marginalizowaną – Bożą Rodzicielką. Przejęto nawet ikonografię Izydy – młodej matki z siedzącym na jej kolanach dzieckiem. Nawrócenie na chrześcijaństwo stawało się w ten sposób łatwiejsze – Rzymianie odnajdywali bowiem w postaci Marii (Matce Bożej) zinternalizowaną figurę Izydy. Maria nie była jeszcze królową niebios, ale w kolejnych stuleciach i tę rangę otrzyma, niejako na modłę swojej egipskiej odpowiedniczki.